手足口病在手、足、臀、膝关节、肘关节等部位出现斑丘疹、疱疹。部分手足口病患儿口腔未见疱疹，但也可以先于口腔部位出现疱疹，之后再出现手、足、臀、膝关节、肘关节等部位的皮疹。从诊断来看，疱疹性咽颊炎仅于口腔咽腭部位、腭垂的黏膜上或口腔其他部位出现疱疹。从病原体来看，疱疹性咽峡炎可以由肠道病毒引起，也可以由非肠道病毒感染所致。以柯萨奇A组病毒（1-6、8、10、22）、疱疹病毒、EB病毒较多见，偶尔也由其他肠道病毒感染引起。手足口病由肠道病毒引起，大概有20多种，多见的是柯萨奇病毒A16型（Cox A16）和肠道病毒71型（EV 71）。重症手足口病多由EV71感染引起。