大便异常的原因一般分感染性和非感染性。感染性的一般有细菌感染，如大肠杆菌、嗜血杆菌；病毒感染，如肠道病毒，轮状病毒较常见，是引起秋季腹泻的主要原因；真菌感染，如鹅口疮的患儿容易出现真菌感染，可以看到鹅口疮患儿口腔里有白色像豆腐渣一样的东西，往往这些孩子同时伴有腹泻的情况，抵抗力也比较差，有的孩子可能用抗生素的时间比较久造成菌群失调。
除了感染性的因素还有非感染性因素。非感染性的影响因素就有很多，如天气变化，季节变化，腹部着凉，喂养不当造成孩子吃得过多后容易造成消化不良情况等，这些都是比较常见的原因。

有一种腹泻叫过敏性腹泻，过敏性腹泻的孩子肠道比较敏感，可能对乳糖不耐受或者对蛋白较敏感等，这类的孩子一般都建议换奶粉喂养，水解蛋白奶粉是针对过敏性腹泻甚至湿疹的孩子食用。一般换了水解蛋白奶粉，孩子的过敏因素就基本上可以排除。但其实在生活中有很多因素都可以致敏，很多食物甚至空气都能使人过敏。而且这些孩子成人后也容易引起呼吸道和皮肤的过敏。