抗生素治疗的疗程传统上为10-14天。有研究显示下泌尿道感染时，口服抗生素2-4天和7-14天的效果相同。因此，一般赞成小孩用药4天左右。小儿出现症状时家长要细致观察。如果是轻微的感染，感染到的细菌的毒性比较弱，加上小孩的抵抗力比较强，小孩就有可能不需要上医院就痊愈。但是也有可能感染到的细菌毒性比较强，而小孩的抵抗力又比较弱，小孩的病情发展就可能比较厉害，所以家长要注意随时观察，一旦病情变化要及时就医。
治疗小儿泌尿系统感染，除了对症治疗，对高热、头痛、腰痛的患儿给以解热镇痛剂缓解症状外外，一般应用抗生素进行治疗。严重病例有一部分需要住院，因为有时候高烧可能引起脱水、抽搐，不能一概而论。
抗生素选择的原则和疗程：在泌尿系统感染患儿中，抗生素的选择要根据患儿的病情、年龄等来决定。患儿年龄小、有发热、感染中毒症状、脱水或口服药物不耐受时，要考虑住院进行抗生素静脉治疗。在药敏结果出来前可给予经验性治疗，首选的抗生素多为广谱第二、三代头孢菌素，建议“一棒子打死原则”，以减少细菌耐药，如果临床症状好转就可不必依据药敏结果调整用药。用药2天评价药物疗效，如果药效不理想需要再次进行尿培养。