先天及生理因素：婴幼儿时期，免疫系统发育不完善，对入侵人体的细菌防御能力差，同时小儿输尿管管壁肌肉较松弛，尚未发育完全，易于扩张，容易受压和扭曲而导致梗阻，另外输尿管在膀胱开口处的括约肌较松弛，容易发生膀胱输尿管返流。男孩子包茎或阴茎包皮过长，导致的排尿不畅、局部不清洁。女孩尿道较短，都增加了感染的可能。另外，部分婴幼儿有先天尿路畸形，也是导致尿路感染发生的原因之一。卫生因素：婴幼儿排便、排尿的自理能力较差，尤其是还不能自主控制排便、排尿的较小幼儿，常常会造成排泄物堆积在尿道口，若不及时更换尿布及衣物，清洗外阴，较易造成细菌侵入尿道造成上行感染。不合理用药：婴幼儿抵抗力较差，生病几率高，且通过自身免疫很难痊愈，直接导致用药机会的增加。用药不合理时，主要体现在抗生素的过度使用，不仅使患儿体内病菌的耐药性增加，也破坏了患儿尿道屏障，可能造成大肠杆菌等革兰氏阴性菌侵入人体，增加了感染的可能。
其他因素：出生后未进行母乳喂养或母乳喂养不足，小儿不能或较少的从母体处获得抗体，造成小儿抵抗力低，易被病菌感染。另外，母亲妊娠期菌尿也可能会导致婴幼儿的尿路感染。小儿泌尿系统感染的易感因素就是以上4个。