通常认为造成生化妊娠的原因和自然流产一致，一是受精卵本身有缺陷，一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因，怀孕前三个月早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常；二是卵巢黄体功能不好，导致黄体酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床；三是子宫因素，子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床；四是遗传因素，由于遗传因素导致染色体数目或结构异常，引起胚胎发育不良（遗传因素占60%~70%），发育不良的胚胎会出现自然流产；五是外界因素影响，女性在不知道自己怀孕的情况下吸烟（包括吸二手烟）、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、情绪异常激动、高温环境等，可导致胎盘和胎儿损伤，造成流产。