因黄体功能不全导致孕酮低，有导致胎停流产的可能。但是现在大家会有一些误解，把由于黄体功能不全造成原发性孕酮低导致流产的情况扩大化了。有一部分自然流产确实是黄体功能不全导致的，不过概率不高。大部分流产是由于胚胎本身发育的问题，如染色体发育异常或者母体甲状腺功能减低引起的，这些情况会表现为继发性孕酮低。如果胚胎有问题本身就无法存活，长到一定程度后，滋养细胞会自然死亡，孕酮减少，这种孕酮的减低是继发于胚胎本身凋亡以后的下降，在无法取得绒毛组织进行染色体核型分析或基因分析的情况下，只单纯于查孕酮时，都表现为孕酮低，所以很多人就会认为是因为孕酮低导致的流产。换句话说，40%的流产原因是胚胎本身发育问题，而不是原发性的孕酮低。